小黑书危机解除后，实验室里一片狼藉，瓷化的残骸与破碎的仪器散落一地，仿佛在诉说着刚刚经历的惊心动魄。秦明等人从实验室中走出，外面的世界已从瓷化的威胁中解脱，阳光洒在大地上，给人一种劫后余生的温暖。
警方迅速介入，对实验室剩余的相关人员进行抓捕，那些参与“新世纪方舟”计划的幕后黑手，终究难逃法律的制裁。曾经神秘而恐怖的“000号实验室”，也将被彻底清查，成为历史的一部分。
秦明的母亲和孪生兄弟，也在这之后有了新的身份。母亲决定隐姓埋名，过平凡的生活，多年来在黑暗中的潜伏与挣扎，让她渴望一份宁静。而孪生兄弟，在秦明的鼓励下，开始尝试去接触正常的社会生活，努力摆脱过去黑暗计划赋予他的束缚。
“你以后有什么打算？”秦明问孪生兄弟，两人站在一片绿意盎然的公园中，微风轻轻拂过。
孪生兄弟微微一愣，随即露出一抹淡淡的微笑：“我想先去学习一些新的知识，了解这个真实的世界，以前我所知道的一切，都太扭曲了。”
秦明点点头，拍了拍他的肩膀：“有任何困难，都可以来找我，我们是兄弟，无论如何，我都会支持你。”
与此同时，林涛和大宝也回归了正常的工作。林涛回到警局，继续投入到各类案件的勘查工作中，他依旧是那个风风火火、充满干劲的痕检员，用自己的专业技能为案件侦破提供关键线索。大宝则回到了法医中心，专注于各类尸检工作，她还是那么大大咧咧，却又心思细腻，每一个细节都不放过，为逝者发声。
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